2019 – Centre Léon Berard

Mise en place d’une plateforme de bioinformatique

destinée a l’oncologie pédiatrique :

enjeux & modalités

 Equipe Jean Yves Blay et Marie Castets

Problématique

Près de 2500 nouveaux cas de cancers sont diagnostiqués chaque année chez les enfants et les adolescents. Malgré des progrès spectaculaires entre 1970 et 2000, 25 à 30 % des enfants atteints ne survivent pas, et 50% de ceux guéris présentent des séquelles sérieuses au cours de leur vie. L’amélioration des traitements des enfants atteints de cancers reste donc un challenge, au moment du diagnostic, mais également sur le long terme pour éviter l’apparition de complications chroniques.

La prise en charge des cancers chez l’enfant est donc face à deux challenges d’envergure:

• Identifier de manière plus précise la signature moléculaire de ces cancers, pour établir une classification robuste en entités homogènes sur le plan moléculaire, afin de guider la pratique clinique en améliorant le diagnostic et la stratification sur risque des patients;
• Définir de nouvelles thérapies, plus ciblées et plus efficaces, à partir des anomalies identifiées comme étant impliquées dans la transformation de cellules normales en cellules tumorales.

Les données –omiques issues de l’analyse de biopsies de patients constituent un réservoir d’informations déterminant pour identifier ces marqueurs de diagnostic et de pronostic, les nouveaux drivers oncogéniques, les mécanismes physiopathologiques à l’origine de ces cancers, et pour définir finalement de nouvelles cibles thérapeutiques.

Cependant, la rareté des cancers de l’enfant complique la constitution de cohortes et impose de repenser le partage et la mutualisation des échantillons et des données issues de leur analyse, afin d’augmenter la puissance de ces analyses et d’optimiser la circulation des résultats sous une forme exploitable au sein de la communauté scientifique.

Objectif global du projet

Notre objectif est de créer une plateforme de bioinformatique dédiée aux analyses –omiques des cancers pédiatriques et ouverte aux chercheurs sur le territoire national. Cette structure aura deux finalités majeures:

• A court terme, elle aura vocation à répondre aux besoins immédiats de la communauté scientifique en favorisant l’accès et en optimisant l’utilisation des données disponibles dans les bases publiques (axe 1).
• A plus long terme, elle pourrait s’inscrire dans une approche prospective et constituer le socle des futurs programmes de séquençage nationaux, de manière à extraire le maximum d’informations des échantillons analysés et à accélérer le transfert de ces données vers les équipes de recherche (axe 2).